东京大学是日本创办的率先所国立大学，也是亚洲创办特别早的大学之一，公认为日本特别高学府，也是亚洲特别高学府。它的前身是明治时期创办的东京开成学校和东京医科学校。如果追溯得更远些，特别早是幕府时期设置的“兰学”机构“天文方”、昌平坂学问府、种痘所历经演变而来。明治维新初期，日本政府公布了“新学制令”，为向欧美学习打开门户，于1877年根据文部省指示将上述两校合并，定名为东京大学。当时已有一定规模，在校生有500余人，设有文学、法学、理学、医学4个学部，不久文部省兼管的东京法律学校并入该校，隶属法学部。　

    1886年，明治政府为适应国家需要，培养具有国家主义思想的人，颁布了“帝国大学令”，东京大学改名为帝国大学，采用分科大学制，原来工务省管辖的工科大学，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科大学，相继成为帝国大学的工科大学和农科大学，以前原有的几个学部分别改为法政大学、医科大学、文科大学、理科大学；并开始设置研究生院。成为一所名符其实的大学。

    1887年制定了“学位令”后，增设博士和大博士学衔。其间，各帝国大学纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国大学的名称前面添上“东京”二字，更深一层含义是使其成为各大学的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科大学制又改为学部制，法学部增设商学系，10年后该系扩充而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝国大学各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生，毕业生中包括了不少国家领导级的人物。二次大战后，清除了军国主义教育的一套做法，调整了机构和不合理的制度，并去掉了“东京帝国大学”中的“帝国”二字，重新恢复了特别早东京大学的校名。改制后的东京大学又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、率先高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京大学已成为具有10大学部，11个研究生院，12个研究所，数万师生员工的综合大学。1986年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选10所世界著名大学时，东京大学作为亚洲仅此代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。

    截止2014年，东京大学设有2个国际高等研究所、12个一线研究中心、16个直属科研机构，在11个附属研究所建有47个高水平研究中心，在研究生院建有30余个附置科研机构。